Rezultati računskega modela pri oceni neposrednega vpliva zaradi obratovanja gradbišča so pokazali, da bo v času gradnje povečana obremenitev s hrupom in onesnaženim zrakom (pilotiranje temeljev viadukta in mostu, intenzivna gradbena dela, impulzni hrup ter dodatno prašenje). Zato je predvidena zaščita naslednjih objektov:

• stanovanjska stavba Pod Trško goro 99a, in sicer zaradi povečane emisije zaradi intenzivnih gradbenih del v času izgradnje krožišča priključka NM Mačkovec (2-2) s priključnimi deviacijami,
• stanovanjski stavbi Šmarješka cesta 41 in 43, in sicer zaradi povečane emisije zaradi intenzivnih gradbenih del v času gradnje viadukta,
• stanovanjske stavbe Šmarješka cesta 34, 40 in 42, in sicer zaradi povečane emisije zaradi intenzivnih gradbenih del v času gradnje viadukta ter rušitve stavb Šmarješka cesta 36 in 38,
• stanovanjske stavbe Krka 1, 2 in 4, in sicer zaradi povečane emisije zaradi intenzivnih gradbenih del v času gradnje mosta in zemeljskega nasipa;
• stanovanjske stavbe Šentjernejska cesta 41 in 24 in sicer zaradi povečane emisije zaradi transporta po Šentjernejski cesti ter intenzivnih gradbenih del v času izgradnje priključka NM Cikava (2-3) s priključnimi deviacijami ter
• stanovanjske stavbe Cikava 15 in 13, in sicer zaradi povečane emisije zaradi transporta po Šentjernejski cesti ter intenzivnih gradbenih del v času izgradnje priključka NM Cikava (2-3) s priključnimi deviacijami,
• stanovanjska stavba Na Lazu 35, in sicer zaradi povečane emisije zaradi intenzivnih gradbenih del v času izgradnje priključka na Belokranjsko cesto.